“When biology meets computer science”

(20/10/2017. V Jornada de Supercomputación de la UAM)
Prof. Dr. Modesto Orozco – Catedrático en Bioquímica y Biología Molecular en la Universidad de Barcelona; Director de la Unidad de Modelado Molecular y Bioinformática en el Parque Científico de Barcelona, Director del departamento de Ciencias de la VIda en el Centro Nacional de Supercomputación (BSC)  y Director del programa conjunto IRB-BSC en Biología Computacional.

Theory and calculation were present from the origins of physics and chemistry, which aimed from the beginning to understand nature using the language of mathematics. However, for many years biology was a purely descriptive science, which simply aimed to make an ordered catalog of nature, without any interest in trying to understand the basic mechanism of life. Computers and biology ignore each other for decades, until omics revolution appear making less important the derivation of data, and more important its rationalization. Computer is impacting now biology as microscopes did in the past, and is opening the possibility to approach to Dirac’s dream: “to understand life from the first principles of physics and chemistry”. I will review in my talk how computer, both as a computer machine and as a data manager is contributing to the advance of biology, making special emphasis in DNA, the crucial molecule of life.

Curso de introducción a la programación paralela con OpenMP y MPI

Curso de introducción a la programación paralela con OpenMP y MPI

La Catedra UAM-Fujitsu, en colaboración con el Centro de Computación Científica de la UAM (CCC-UAM) organiza, como novedad, un curso introductorio a la programación paralela y distribuída con OpenMP y MPI.

El objetivo principal del curso es que los asistentes sean capaces de acelerar la ejecución de sus códigos gracias a la paralelización de los mismos, utilizando bien OpenMP, para entornos de memoria compartida, o MPI, si es necesario utilizar memoria distribuida. Dicha aceleración tiene como meta la reducción del tiempo de ejecución de los códigos que habitualmente utilizan los docentes-investigadores, con el fin de aumentar el rendimiento del trabajo llevado a cabo con estos códigos mejorados.

Requisitos: El curso se ha estructurado en sesiones teóricas y prácticas, por lo que se espera que los asistentes tengan conocimientos previos de programación en los lenguajes C y/o Fortran.

INSCRIPCIONES: La inscripción al curso es libre y gratuita, pero las plazas son limitadas, por lo que es necesario seguir uno de estos caminos para solicitar plaza:
(1) Si eres PDI de la UAM, deberás realizar la inscripción a través de la página del Programa de Formación Docente de la UAM (acceso)
(2) Aquellos interesados que NO pertenezcan al colectivo indicado anteriormente (ver requisitos) deberán envíar un mensaje indicando el nombre completo, telefono, e-mail, vinculacion con la Universidad Autónoma de Madrid y lugar de trabajo, a la dirección administrador.ccc@uam.es, antes del 21 de septiembre de 2017.

Una vez finalizado el plazo de inscripción, y en el plazo de cinco días, se comunicará a los solicitantes si han sido aceptados o quedan en lista de reserva.

DETALLES DEL CURSO y PROGRAMA
Título: Introducción a la programación paralela con OpenMP y MPI
Fecha:
del 2 al 6 de octubre de 2017, de 14:00 a 18:00 h.
Lugar: Laboratorio de simulación. Centro de Computación Científica.
C 08, primera planta. Universidad Autónoma de Madrid. 28049 – Madrid
Duración: 20 horas.
Coste: gratuito.
Programa completo: Consultar aquí (caracter eminentemente práctico, 1 ordenador por alumno).

CURSO: Programación paralela  con OpenMP y MPI

CURSO: Programación paralela con OpenMP y MPI

La Catedra UAM-Fujitsu, en colaboración con el Centro de Computación Científica de la UAM (CCC-UAM) y el Centro Nacional de Supercomputación (BSC-CNS), organiza una nueva edición del curso de formación especializada sobre programación paralela y distribuída con OpenMP y MPI.

Los objetivos del curso son entender y practicar conceptos fundamentales sobre programación paralela y distribuída gracias a OpenMP y paso de mensajes (MPI). También se presentarán algunas herramientas útiles en la depuración de los códigos, como puede ser Paraver, Dimemas y Extrae, desarrolladas en el BSC, así como otras herramientas disponibles para este fin.

Gracias a la gran experiencia del profesorado en la paralelización y optimización de códigos, se incidirá en cómo mejorar los códigos OpenMP y MPI para mejorar el rendimiento de los mismos. Además se profundizará en la utilización de programación híbrida OpenMP/MPI y en la utilización de recursos de centros de supercomputación.

Requisitos: El curso se ha estructurado en sesiones teóricas y prácticas, por lo que se espera que los asistentes tengan conocimientos previos en el uso de OpenMP y MPI, así como la utilización de los lenguajes de programación C o Fortran.

NOVEDADES: Aquellos interesados que no reúnan los requisitos anteriores, pueden inscribirse en el curso introductorio a la programación paralela que tendrá lugar entre el 2 y 6 de octubre de 2017 en el CCC-UAM. La inscripción en ambos cursos se realiza de forma independiente. Más información aquí.

INSCRIPCIONES: La inscripción al curso es libre y gratuita, pero las plazas son limitadas, por lo que es necesario seguir uno de estos caminos para inscribirse:
(1) Si eres PDI de la UAM, deberás realizar la inscripción a través de la página del Programa de Formación Docente de la UAM (acceso)
(2) Aquellos interesados que NO pertenezcan al colectivo indicado anteriormente (ver requisitos) deberán envíar un mensaje indicando el nombre completo, telefono, e-mail, vinculacion con la Universidad Autónoma de Madrid y lugar de trabajo, a la dirección administrador.ccc@uam.es, antes del 16 de octubre de 2017.

Una vez finalizado el plazo de inscripción, y en el plazo de cinco días, se comunicará a los solicitantes si han sido aceptados o quedan en lista de reserva.

DETALLES DEL CURSO y PROGRAMA
Título: Programación paralela con OpenMP y MPI.
Fecha:
del 2 al 8 de Noviembre de 2017, de 9:00 a 18:00 h. (con descanso para la comida).
Lugar: Laboratorio de simulación. Centro de Computación Científica.
C 08, primera planta. Universidad Autónoma de Madrid. 28049 – Madrid.
Duración: 40 horas.
Coste: gratuito.
Programa completo: Consultar aquí (caracter eminentemente práctico, 1 ordenador por alumno).

Fernando Martín García, Premio Rey Jaime I en Investigación Básica 2017

El pasado martes, 6 de junio, Fernando Martín García, Catedrático del Departamento de Química de la Universidad Autónoma de Madrid e investigador del IMDEA-Nanociencia, fue galardonado con el Premio Rey Jaime I en Investigación Básica en su edición de 2017. El jurado reconoció el papel del candidato en el establecimiento de los fundamentos teóricos de una nueva disciplina científica, la attoquímica, que consiste en observar y manipular el movimiento electrónico en átomos y moléculas en su escala natural de tiempo, el attosegundo (10-18 segundos), para así controlar las propiedades químicas de las sustancias y modificar su comportamiento natural. Aunque los primeros pasos en este nuevo campo científico datan de hace tan solo una década, se prevé que se convierta en una herramienta multidisciplinar con numerosas aplicaciones en química, física o biología, que permitan, por ejemplo, controlar la evolución de una reacción química, obtener imágenes de los procesos de transferencia de carga en moléculas individuales o influir en la respuesta biológica ante la radiación, ya sea deseada o no deseada.

Las potenciales aplicaciones de esta nueva disciplina aún están lejos de conseguirse, dada la breve trayectoria de la misma, aunque la demostración de que esta disciplina es posible llegó en 2014, cuando se publicó en Science (Science 346, 336) un experimento en el que, con la ayuda de sofisticadas modelizaciones computacionales, se demostraba cómo al irradiar una molécula compleja con pulsos láser (el aminoácido fenilalanina, en aquel caso) se conseguía modificar el movimiento de sus electrones, y por tanto, las propiedades y el comportamiento químico de la molécula.

Según el galardonado, los próximos pasos en esta disciplina apuntan a la utilización de las técnicas de la attoquímica para impedir reacciones que se producen de manera natural pero que conducen a efectos no deseados en la materia viva o, recíprocamente, para inducir reacciones químicas que actualmente son imposibles, lo que podría dar lugar a la producción de nuevas sustancias o materiales. Según se ha publicado en un reciente artículo (Chemical Reviews, DOI: 10.1021/acs.chemrev.6b00453), la medida y control del movimiento electrónico en estructuras moleculares complejas supone un reto formidable, ya que deberán afrontarse bajo una perspectiva multidisciplinar y requerirán la realización de modelizaciones computacionales en superordenadores.

Premios Rey Jaime I

Los Premios Rey Jaime I reconocen a personas cuya labor sea altamente significativa y haya sido desarrollada en su mayor parte en España. A lo largo de sus 28 ediciones se ha premiado a más de 100 investigadores, los más importantes del mundo científico, tecnológico y emprendedor de España. Muchos de los galardonados han recibido después, a lo largo de su trayectoria, otros relevantes premios nacionales e internacionales.

Foto-FMARTINFernando Martín nació en Madrid, en 1961. Se licenció en Química en 1984, y en Física en 1986, en la Universidad Autónoma de Madrid. Obtuvo el título de Doctor en la misma Universidad en 1986, por el que obtuvo el premio extraordinario de Doctorado en 1987. Completó su formación postdoctoral en la Universidad de Burdeos (1988), Universidad de París VI (1989-1990) y en la Universidad de Chicago (1995-1996). Es Catedrático de Química-Física en la Universidad Autónoma de Madrid desde 2005. Obtuvo el Premio de Investigación Rey Juan Carlos I en 2000 y el premio de la Real Sociedad Española de Química en Química Física en 2010. Actualmente es, también, director de la Cátedra UAM-Fujitsu en Computación Científica y Big Data.

Su investigación se centra en el modelado teórico de procesos de foto-excitación y fotoionización inducidos por radiación sincrotrón o pulsos láseres ultracortos en sistemas atómicos y moleculares, así como de sistemas complejos, aislados o depositados en superficies. Ha publicado en torno a 400 artículos y desde 2011 dirige un proyecto ERC Advanced Grant financiado por el Consejo Europeo de Investigación, que pretende desarrollar métodos que permitan entender el papel de la dinámica coherente de los electrones en la escala de los attosegundos en procesos de interés químico.

En los últimos años, su grupo de investigación (https://campusys.qui.uam.es/) ha contado con financiación procedente de la Unión Europea (proyectos ERC-AdG- 290853 XCHEM, COST Action CM0702, MCA-ITN- 264951 CORINF y MSCA-EJD-642294 TCCM, MCA-RIG- 268284 ATTOTREND) y de programas estatales financiados por el MICINN, MINECO y la AEI (proyectos FIS-2016-77889-R, FIS-2013-42002-R, FIS-2010-15127 y proyecto PIM2010EEC-00751, financiado a través del programa ERA-Chemistry), lo que le ha permitido establecer el que quizá sea el grupo de investigación de referencia en Europa en el área de la “Attoquímica Teórica”.

Finaliza con éxito una nueva edición del curso de programación en paralelo

Finaliza con éxito una nueva edición del curso de programación en paralelo

La Cátedra UAM-Fujitsu espera que ayude a mejorar la eficiencia en tareas de investigación relacionadas con entornos HPC dentro del campus de excelencia UAM+CSIC.

Entre el 2 y el 8 de Noviembre de 2016 tuvo lugar la segunda edición del curso “Parallel Programming with OpenMP and MPI”, patrocinado por la Cátedra UAM-Fujitsu.

De nuevo se volvió a contar con la participación de profesores del Centro Nacional de Supercomputación (BSC-CNS), siendo un curso dirigido por el Centro de Computación Científica de la Universidad Autónoma de Madrid.

Si bien la programación en paralelo puede parecer un tema muy concreto, de nuevo se volvió a tener una gran demanda. En esta edición de nuevo se tuvo una importante lista de espera debido a que el curso contaba con un número de plazas limitadas para establecer un buen ratio alumnos/profesor, vital en este tipo de cursos.

Durante las 40 horas de duración, se cubrieron diferentes aspectos fundamentales en el mundo de la programación en paralelo, imprescindibles a la hora de utilizar recursos de la Red Española de Supercomputación. Claros ejemplos son el superordenador Marenostrum ubicado en el BSC-CNS así como Cibeles, el superordenador existente en el Centro de Computación Científica de la Universidad Autónoma de Madrid.

Utilizando multitud de ejercicios prácticos, los alumnos pudieron aprender cómo crear programas utilizando OpenMP y/o MPI. Para ello se realizaron diferentes sesiones teóricas para afianzar la teoría que a continuación era necesaria para realizar los ejercicios propuestos, que finalmente eran resueltos en común.

Con el fin de mejorar los análisis de los códigos, se presentaron herramientas como Paraver y Dimemas, desarrolladas en el BSC-CNS, así como otras herramientas como GDB y Valgrind.

La comunidad científica del Campus de Excelencia UAM+CSIC ha mostrado por tanto su enorme interés en este curso,a la vista del éxito de participación. Un curso que además permite la mejora del trabajo diario en tareas de investigación relacionadas con entornos HPC (High Performace Computing).

Al finalizar el curso se entregó un certificado de participación a cada uno de los asistentes.

Dirección del curso:
Pablo Sanz Mercado – Centro de Computación Científica. Universidad Autónoma de Madrid

Profesores:
Judit Gimenez – Barcelona Supercomputing Center
German Llort – Barcelona Supercomputing Center
Xavier Martorell – Barcelona Supercomputing Center y Universidad Politécnica de Cataluña
Antonio Peña – Barcelona Supercomputing Center
Xavier Teruel – Barcelona Supercomputing Center

Listado de asistentes:

Robert Adriel Mostoghiu
Fernando Aguilar-Galindo Rodríguez
Juan Córcoles Ortega
Marcos del Cueto Cordones
Diego Duque Zumajo
Michael Ellner Martinez
José Antonio Gijón Correas
Adrián Gómez Repollés
Alba Jorge
Jorge Luis Hita
Iván Jesús Martínez Soler
Álvaro De Pablos García
Sergio Panzuela Pérez
Diego Rodríguez Hermoso
Sergio Adrián Rodríguez Torres
Jose Angel Romero Jurado
João Pedro dos Santos Morado
Javier Ugarrio Muñoz

Galería de imagenes de la II Edición del Curso de programación en paralelo

Las becas UAM-Fujitsu se destinarán al estudio de grafeno, fullerenos o en Química Médica

La Cátedra UAM-Fujitsu ha resuelto, en su segunda edición, la concesión de tres becas de posgrado a estudiantes de la Facultad de Ciencias que van a desarrollar un proyecto de investigación que utiliza recursos de computación científica.

Los seleccionados, que se beneficiarán de un reembolso parcial de sus gastos de matrícula, pertenecen al Master Erasmus+ en Química Teórica y Modelización Computacional y el Master en Física de Materia Condensada y Sistemas Biológicos, y son los siguientes:

fmcsb-garai-foto Haritz Garai Marin, graduado en Física por la Universidad del País Vasco (ver curriculum-vitae), basará su tesis de master en el estudio de ‘Calculo de caminos de reacción con SIESTA’”. En particular se va va a implementar, en el programa SIESTA de simulación ab initio de materiales, el calculo de caminos de reacción con métodos “nudged elastic band” y similares. Estos métodos se aplicaran a la formación de defectos en grafeno y fullerenos, y a la difusión en hidratos de CH4, CO2 y H2, usando computación en paralelo.
tccm-barreiro-fotoDarío Barreiro Lage, graduado en Química por la Universidad Autónoma de Madrid (ver curriculum-vitae), va a desarrollar una tesis de master centrada en el estuido teórico de fragmentación de moléculas altamente excitadas e ionizadas y estabilidad de especies multicargadas. En particular, de compuestos derivados del carbono, como los fullerenos. La metodología a utilizar es puramente computacional consistiendo desde métodos ab initio, dinámica molecular, o software propio.
tccm-iribarren-fotoIñigo Iribarren Aguirre, graduado en Química (ver curriculum-vitae), va a desarrollar su tesis de master en el área de la Química Médica, bajo la supervisión de Ibón Alkorta, perteneciente al Instituto de Química Médica del CSIC.Se centratá en el estudio teórico, empleando técnicas computacionales, de  complejos anión-anión y catión-catión estabilizados por interacciones no covalentes.
Las bases del programa pueden consultarse aquí y aquí. Para más información sobre el mismo o sobre futuras ediciones, puede contactar con info@catedrauamfujitsu.es
CURSO: Parallel Programming with MPI and OpenMP

CURSO: Parallel Programming with MPI and OpenMP

La Catedra UAM-Fujitsu, en colaboración con el Centro de Computación Científica de la UAM (CCC-UAM) y el Centro Nacional de Supercomputación (BSC-CNS), organiza una nueva edición del curso de formación especializada sobre programación paralela y distribuída con OpenMP y MPI.

Los objetivos del curso son entender y practicar conceptos fundamentales sobre programación paralela y distribuída con memoria compartida (OpenMP) y paso de mensajes (MPI). También se presentarán algunas herramientas útiles en la depuración.

Requisitos: El curso se ha estructurado en sesiones teóricas y prácticas, por lo que se espera que los asistentes tengan conocimientos prácticos de programación.

INSCRIPCIONES: Para inscribirse, es necesario envíar un mensaje indicando el nombre completo, telefono, e-mail, vinculacion con la Universidad Autónoma de Madrid y lugar de trabajo, a la dirección administrador.ccc@uam.es, antes del 23 de octubre de 2016.
La inscripción es gratuita, pero las plazas son limitadas. Una vez finalizado el plazo de inscripción se comunicará a los solicitantes si han sido aceptados o quedan en lista de reserva.

DETALLES DEL CURSO y PROGRAMA
Título: Parallel Programming with OpenMP and MPI
Fecha:
del 2 al 8 de Noviembre de 2016, de 9:00 a 18:00 h. (De 13:00 a 14:00 habrá un descanso para la comida).
Lugar: Laboratorio de simulación. Centro de Computación Científica.
C 08, primera planta. Universidad Autónoma de Madrid. 28049 – Madrid
Duración: 40 horas
Coste: gratuito
Programa completo: Programa-nov2016-parallelprogramming

El futuro de la supercomputación

El futuro de la supercomputación

El pasado 23 de septiembre tuvo lugar la IV Jornada de Supercomputación de la UAM, patrocinada por la Cátedra UAM-Fujitsu en Computación Científica y Big Data. El acto de bienvenida estuvo presidido por Jonathan Benito Sipos, Vicerrector Adjunto de Innovación de la Universidad Autónoma de Madrid y Mª Teresa Parra Catalán, Vicedecana de Relaciones Internacionales e Institucionales de la Facultad de Ciencias. Se contó también con la presencia de Fernando Martín, Director de la Cátedra UAM-Fujitsu, Alberto Luna, director del Centro de Computación Científica de la UAM y subdirector de la Cátedra, y Fernando Egido, Director General de División Producto de Fujitsu

La jornada, centrada en el futuro de la supercomputación, contó con dos científicos de relevancia internacional, Ignacio Cirac, experto mundial en computación cuántica y Víctor de la Torre, investigador Senior de los Laboratorios de Fujitsu, batió record de asistentes.

IV Jornada Supercomputación - Ignacio Cirac

IV Jornada Supercomputación – Ignacio Cirac

Durante su ponencia, Ignacio Cirac (Premio Príncipe de Asturias de Investigación Científica y Técnica en 2006) habló sobre el reto que supone la construcción de un ordenador cuántico, describiendo los conceptos básicos de la computación cuántica, los problemas que puede ser capaz de hacer frente, así como el esfuerzo internacional que se está dedicando a construir un dispositivo de este tipo. Se discutieron las ventajas de la construcción de equipos similares: encriptado imposible de intervenir por un tercero, o crecimiento exponencial de los recursos de cálculo actuales. Por otra parte, Víctor de la Torre (actualmente en los Fujitsu Laboratories of Europe y anterior director del nodo central del Instituto Nacional de Bioinformática) habló sobre la genómica como driver en la supercomputación. Se discutió sobre el estado de las técnicas de secuenciación, cada vez más accesibles, aunque de difícil análisis en la situación actual, y de las técnicas computacionales requeridas para ello. Las ventajas del análisis podrían centrarse en una medicina personalizada, que sería de indudable valor en la sociedad. Se expuso cómo la recogida de datos en un hospital concreto era capaz de obtener resultados de valor incalculable, y cómo estos datos podrían ser aplicados en otros hospitales para mejorar la calidad del servicio a los pacientes.

El resumen en imágenes del evento puede verse aquí.

 

IV Jornada de Supercomputación de la UAM – Cátedra UAM-Fujitsu

IV Jornada de Supercomputación de la UAM – Cátedra UAM-Fujitsu

La Cátedra UAM-Fujitsu en Computación Científica y Big Data organiza la IV Jornada de Supercomputación de la UAM, titulada: “El futuro de la supercomputación” donde científicos de talla internacional hablarán sobre tendencias en supercomputación y el estado de desarrollo de las próximas generaciones de procesadores. .

Fecha: 23/09/2016
Lugar: Sala Polivalente, Edificio Plaza Mayor. Universidad Autónoma de Madrid. 28049 – Madrid [ver en el mapa]
Inscripciones: Para asistir, es necesario registrarse rellenando este sencillo formulario (link).

Agenda:

10:30-11:00: Recogida de acreditaciones y café bienvenida

11:00-11:15: Bienvenida
D. Jonathan Benito Sipos – Vicerrector Adjunto de Innovación, UAM
Dña.  Mª Teresa Parra Catalán – Vicedecana de Relaciones Internacionales e Institucionales de la Facultad de Ciencias, UAM
D. Fernando Egido – Director General División Producto de Fujitsu
D. Fernando Martín García – Catedrático de la UAM y Director de la Cátedra UAM-Fujitsu
D. Alberto Luna- Director Centro de Computación Científica UAM y Subdirector de la Cátedra UAM-Fujitsu

11:15-12:00: Frontiers in Quantum computing
Prof. Dr. Ignacio Cirac (Instituto Max-Planck de Óptica Cuántica. Director de la División Teórica )
[Más información]

12:15-13:00: Genómica como driver en la Supercomputación
D. Víctor de la Torre (Senior Research Fellow at Fujitsu Laboratories of Europe)

13:15: Cocktail

El evento en imágenes: Fotos y video resumen

 “Frontiers in Quantum computing”

(23/09/2016. IV Jornada de Supercomputación de la UAM)
Prof. Dr. Ignacio Cirac – Instituto Max-Planck de Óptica Cuántica. Director de la División Teórica.

A quantum computer uses the basic rules of quantum physics in order to process information in a new way. This will allow us to carry out computations that are impossible with current computers. However, building a quantum computer is one of the most difficult challenges we are confronted in science nowadays. In this talk I will describe the basic concepts in quantum computing, the problems it may be able to address, as well as the international effort that is being devoted to build such a device.

logo-uamlogo-uam-csiclogo-fujitsu
La Universidad Autónoma de Madrid, dentro de sus planes estratégicos de lograr el máximo alcance en la transferencia de su valor científico y docente a la sociedad, ha firmado con Fujitsu la cátedra de patrocinio en Computación Científica y Big Data.
© 2014 Catedrauamfujitsu - Todos los derechos reservados Creación web: Viaintermedia